Historia Markowickiego Sanktuarium rozpoczęła się w 1630 roku, kiedy figura Matki Bożej z Dzieciątkiem została przywieziona do Markowic przez bernardyna brata Michała Widzyńskiego, który uciekając przed epidemią cholery schronił się na dworze państwa Bardzkich w Markowicach. W tym czasie córka Heleny i Andrzeja Bardzkich – Marianna była ciężko chora. Rodzice złożyli obietnicę, że jeśli córka wróci do zdrowia, wybudują w Markowicach kościół ku czci Matki Bożej. Marianna wyzdrowiała, a wieść o tym niezwykłym wydarzeniu obiegła okolicę. Do dworu zaczęli przybywać chorzy prosząc o łaskę uzdrowienia. W 1635 roku Komisja Biskupia zbadała 132 przypadki uzdrowień, uznając 32 „za cudowne”, pozostałe za znaki wielkiej łaski Bożej. W 1636 roku wybudowano pierwszy niewielki, drewniany świątynię i umieszczono w niej cudowną figurę. Do Markowic zaczęły przybywać coraz liczniejsze grupy pielgrzymów.

Pierwszymi kustoszami Sanktuarium byli ojcowie karmelici. Przybyli oni do Markowic w 1642 roku. W 1649 r. karmelici uzyskali pozwolenie na publiczny kult łaskami słynącej figury. Zakonnicy powiększyli istniejący budynek klasztoru, a kiedy drewniany kościół się zbyt mały, by pomieścić napływających pielgrzymów, przystąpili do budowy większego. W 1710 roku wybudowano murowaną świątynię, która została konsekrowana w 1714 r. przez bpa włocławskiego Wojciecha Bardzińskiego. Pierwszy kościół nosił wezwanie „Matki Boskiej Karmelitańskiej”, nowej świątyni nadano wezwanie „Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny, Krzyża Świętego, Świętego Józefa, Świętego Michała i Wszystkich Świętych”, w okresie późniejszym zostało ono zmienione na „Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny”. W czasach kiedy gospodarzami sanktuarium byli karmelici, doroczny odpust ku czci MB Szkaplerznej obchodzono 16 lipca. Trwał on 7 dni, przybywali na niego wierni z okolic ok 30 km. , obchodzono też odpust św. Józefa, który trwał 3 dni. Odpusty w Markowicach obchodzono niezwykle uroczyście, na co wskazują cenne wota pozostawiane przez pielgrzymów.

Po Kongresie Wiedeński Makowice zostały włączone do państwa pruskiego, które prowadziło planową akcję kasaty klasztorów. W 1825 nastąpiła kasata zakonu karmelitów kościół był filią parafii w Ludzisku.

W 1921r. do Markowic przybyli Ojcowie Misjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej i objęli pieczę nad Sanktuarium. W 1924 r. erygowano w Markowicach parafię. W okresie międzywojenny rozrastał się kult maryjny. W dorocznych odpustach lipcowych brało udział ok. 10 tys. pielgrzymów. Na tysiąc parafian rocznie udzielano 15 tys. Komunii św. W czasie II wojny światowej kościół był zamknięty dla kultu religijnego.

Po wyzwoleniu Markowic w styczniu 1945 roku kościół udostępniono wiernym. Na pierwszy odpust przybyło ok 25 tys. pielgrzymów. W 1947 roku odnowiono kościół. W Sanktuarium powstały Kółka Różańcowe dla poszczególnych stanów, bractwa, Sodalicja. Wzrastała liczba pielgrzymów. Wierni coraz częściej przystępowali do sakramentów św., brali udział w rekolekcjach i misjach św. Ojcowie Oblaci krzewili cześć i nabożeństwo do Matki Bożej. Markowice były silnym centrum religijnym na Kujawach. W 1948 roku ks. A. kard. Hlond Prymas Polski wyraził życzenie, by Ojcowie spisywali łaski jakich ludzie doznali za wstawiennictwem MB Markowickiej. Rozpoczęły się działania mające na celu uzyskanie zgody na koronację figury. Papież Paweł VI wyraził na nią zgodę i koronacja odbyła się 26 czerwca 1965 roku. W uroczystościach wzięło udział ok. 300 księży diecezjalnych i zakonnych oraz 30 tys. wiernych z Kujaw i Wielkopolski. Po koronacji ruch pielgrzymkowy wzmógł się.
Od roku 1977 za zgodą Kongregacji do Spraw Kultu w Rzymie używa się specjalnego formularza liturgicznego z Mszy wotywnej o Najświętszej Maryi Dziewicy, Królowej Miłości i Pokoju, od 1987 r. funkcjonuje polskie tłumaczenie tegoż formularza.

W 2013 roku Misjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej podjęli decyzję o opuszczeniu Markowic. Od tego czasu Sanktuarium opiekują się księża archidiecezji gnieźnieńskiej.